En el verano de 2007 el velero "Urdaneta" navega por aguas del Golfo de Bizkaia con un grupo de pasajeros singular. A bordo de la goleta se ha puesto en marcha una experiencia de reinserción de jóvenes problemáticos en cuyo tratamiento se incluye el mar como terapia. A lo largo del documental los propios jóvenes, la tripulación y el equipo directivo y de terapeutas desgranan cada uno desde su perspectiva los sentimientos y experiencias surgidas de una convivencia forzada tan gratificante como, a veces, insoportable.
Condicionados por el espacio y el entorno que les rodea las características que definen a estos grupos se diluyen y pierden sus límites. Así, marineros formados profesionalmente en la pesca en terranova o el Índico deben olvidar la estricta disciplina que impera en los barcos para enfrentarse con los terapeutas a problemas que requieren unas habilidades que tienen más que ver con el manejo de la paciencia y los afectos que con los nudos. Algo semejante ocurre con los responsables de la formación y de la terapia que deben asumir un marco de trabajo que no se parece en nada a los centros en los que habitualmente desarrollan sus actividades.
"Palabras que vienen del mar" recoge todas estas vivencias desarrolladas a bordo del "Urdaneta" entre los veranos de 2007 y 2008.